Büyükada'daki Rum yetimhanesinin mülkiyet hakkıyla ilgili olarak Fener Rum Patrikhanesinin açtığı davada 2008 yılında Türkiye'yi haksız bulan AİHM, Türkiye'nin toplam 26 bin avro ödemesine hükmetti. AİHM, 8 Temmuz 2008 tarihinde, mülkiyetin korunmasıyla ilgili Avrupa İnsan Hakları Sözleşmesi 1. protokolü 1. maddesinin Türkiye tarafından ihlal edildiği görüşüne varmış, tazminata ilişkin kararını ileri bir tarihte vereceğini açıklamıştı. Türk hükümetinin avukatı, 27 Kasım 2007 tarihinde yapılan duruşmada, ''ihtilaf konusu taşınmazın 1902 yılında Rum yetimhanesi olarak tahsis edildiğini ve mülkiyet hakkının Yetimhane Vakfına ait olduğunu'' belirtmişti. ''Patrikhanenin üzerinde özel mülkiyet hakkı iddia ettiği taşınmazı kendi isteğiyle ve geçici olarak sadece kullanma amacıyla yetimhaneye devrettiği tezinin geçerli olmadığını'' savunan avukat, ''Patrikhanenin söz konusu taşınmazın hiçbir zaman kullanıcısı ve maliki olmadığını, vakıflara ya da hayır kurumlarına tahsis edilen taşınmazların tahsis amaçları dışında özel mülk gibi kullanılamayacakları kuralı dikkate alındığında başvurunun temelsiz olduğunu ve reddedilmesi gerektiğini'' ifade etmişti. Patrikhanenin avukatı ise konunun sadece mülkiyet hakkı olarak ele alınmaması, aynı zamanda dini azınlıklara yönelik bir ihlal olarak görülmesi talebini dile getirmişti. Avukat, Büyükada'daki Rum Yetimhane Vakfına ait taşınmazın gerçekte Patrikhaneye ait olduğu, bunun tersi karar alan Vakıflar Genel Müdürlüğünün hatalı davrandığı görüşünü savunmuştu. Dava dilekçesinde Patrikhane, sahibi olduğunu iddia ettiği taşınmaz malın başkasına verilerek insan hakları ihlalinde bulunulduğunu ve mülkiyetin korunmasıyla ilgili Avrupa İnsan Hakları Sözleşmesi 1. protokolü 1. maddesinin ihlal edildiğini iddia etmişti.