Alemdaroğlu'dan Encümen-i Daniş Başkanına teşekkür ilanı Ergenkon Terör Örgütü davasının tutuksuz sanığı Prof. Dr. Kemal Alemdaroğlu'nun gözaltı sürecinde desteğinden dolayı teşekkür ettiği isimlerin başında Encümen-i Daniş Başkanı Necmettin Karaduman'ın da olduğu ortaya çıktı. Hatırlanacağı gibi Karaduman'ın "Derin devlet bütün dünya devletlerinde vardır. Bizi ve devletimizi korumaya yönelik. Bu dış tehlikelere karşı alınan tedbirlerin toplamıdır" diye konuşmuştu. Prof. Dr. Alemdaroğlu, ETÖ soruşturmasında tutuksuz yargılanmak üzere gözaltından serbest bırakıldıktan sonra Hürriyet gazetesinin 19 Nisan 2008 tarihli nüshasına bir teşekkür ilan verdi. Söz konusu ilanda Alemdaroğlu'nun teşekkür ettiği isimler arasında son günlerde sıkça tartışılan Encümen-i Daniş Başkanı Necmettin Karaduman'un olması dikkat çekti. Söz konusu ilanda şu ifadelere yer verildi: