Sayıştay tarafından yapılan denetimlerde usulsüz harcama, hesap tutarsızlığı, ihale usulsüzlüğü ve müteahhitlerle işbirliği gibi konularda kurumun 27 milyon lira zarara uğratıldığı tespit edildi. Kurumu zarara uğrattıkları gerekçesiyle dönemin rektörü Prof. Dr. Fevzi Sürmeli ile birlikte çok sayıda üniversite çalışanı hakkında soruşturma başlatıldı. İncelemelerde, çalışanlara verilmeyen banka promosyon paralarının bütçeye kaydedilmediği, bazı personele fazla maaş verildiği, bazılarının ise kurumla ilgili olmayan şahsi davalarının adliye giderlerinin üniversite bütçesinden karşılandığı belirlendi. 2008'de yapılan denetimlerde de 20 trilyon liralık usulsüzlük tespit edilmişti. 8 ay önce rektör değişikliği yaşanan Anadolu Üniversitesi'ni mercek altına alan Sayıştay denetçileri çalışmalarını tamamladı. Hazırlanan 15 sayfalık rapor, üniversite yönetimine gönderildi. Raporu inceleyen rektörlük, konuyla ilgili dönemin rektörü Prof. Dr. Fevzi Sürmeli ile aralarında müdürlerin de olduğu çok sayıda görevli hakkında idari ve adli soruşturma başlattı. İddianameye göre üniversite yönetimi 5 milyon liralık banka promosyon ücretlerini personele dağıtmak yerine bütçeye dahi kaydetmeden harcadı. İşi eksik veya geç yapan şirketlere ceza kesilmeyerek kurum 6 milyon lira zarara uğratıldı. 'Ödemeyi sonra yaparız' diyerek 13 ayrı inşaat firmasına verilen ihalesiz işlerle 10 milyon lira zarar edildi. Ayrıca yönetimin 640 bin liralık teknik cihazı usule aykırı yollarla temin edildi.