Bir süre sonra rahatsızlanan Aydoğan, Dışkapı Yıldırım Beyazıt Eğitim ve Araştırma Hastanesi'ne kaldırıldı. Burada KKKA hastalığı teşhisi konulan Aydoğan, anestezi yoğun bakım servisinde yapılan müdahaleye rağmen kurtarılamadı. Aydoğan'ın cenazesi ailesi tarafından alınarak Kışlacık Mahallesi'ndeki aile kabristanına defnedildi. 

Öte yandan Kışlacık Mahallesi Yardımlaşma ve Dayanışma Derneği Başkanı Mustafa Oruç, mahallelerinde iki kişinin KKKA hastalığı şüphesiyle hastaneye gittiğini kaydederek, "Maalesef Arif Aydoğan'ı kaybettik ve bugün defnettik. Diğer kişinin ise hastanedeki işlemleri devam ediyor" dedi.