Askeri mahkeme tarafından sahte çürük raporu düzenlemekten yargılanan Tunç hakkında ayrıca TSK'dan ihraç kararı da bulunuyor. İstanbul 1. Ordu Komutanlığı Askeri Savcılığı'nın yürüttüğü soruşturmada Konya'da askerlik görevini yapan A. T. isimli erin 2006 yılında hava değişimi raporu alması üzerine başlatılan soruşturma 2008 yılında ilgililer hakkında dava açılmasıyla sürdü. 22 Haziran 2009'da sonuçlanan davada mahkeme, o dönemde GATA'da tabip olan Yarbay Habil Tunç'u, 23 kez "menfaat karşılığı sahte çürük raporu vermek" suçundan toplam 38 yıl 4 ay hapis cezasına çarptırdı. Yarbay Tunç'a ayrıca, 'suç işlemek amacıyla örgüt kurmak ve yönetmek' suçundan da 3 yıl 4 ay hapis cezası verildi. Kararla birlikte Yarbay Tunç'un Türk Silahlı Kuvvetleri'nden çıkarılması da öngörülerek 23 ayrı olaya ilişkin temin ettiği paraların da müsaderesi kararlaştırıldı. Hakkında iki yıldır yakalama kararı bulunan Tunç, Kadıköy'de gözaltına alındı. Mali Suçlarla Mücadele Şube Müdürlüğü ekibi tarafından gözaltına alınan Tunç işlemlerinin tamamlanması için Vatan Caddesi'ndeki İstanbul Emniyet Müdürlüğü'ne getirildi. Tunç neden gözaltına alındığına ilişkin gazetecilerin sorularını cevapsız bıraktı.