Barcelona'da 1992'de düzenlenen olimpiyatlarda futbol kategorisinde altın madalya kazanan Guardiola'nun o dönemki İspanya milli takımındaki arkadaşlarıyla arası, Katalonya'nın bağımsızlık mücadelesi hakkındaki siyasal görüşleri nedeniyle açıldı. 

Daily Mail'de yer alan habere göre, kamuoyu önünde daha önce defalarca İspanya'dan ayrılmak isteyen Katalonya'nın bağımsızlığına destek verdiğini söyleyen ve hatta bu yüzden 2018'de Futbol Federasyonu'ndan 20 bin euro ceza yiyen Guardiola, bu tutumu nedeniyle takım arkadaşlarının bulunduğu WhatsApp grubundan çıkarıldı. Haberde ayrıca, İspanyol ekibinin bugünlerde Guardiola'u dahil etmediği bir WhatsApp grubu aracılığıyla iletişim halinde olduğu belirtildi. 

2018 yapımı 'Play it again, Pep' belgeselinde de Guardiola'nun takım arkadaşlarıyla yaşadığı siyasi görüş ayrıklarından bahsediyor. Belgeselde Guardiola, İspanyol takım arkadaşlarıyla, özellikle 92 Barcelona Olimpiyatları'nda da beraber yer aldığı kaleci Santiago Canizares ile çelişkili görüşlere sahip olduklarından bahsediyor ve mesajlaşma grubunda istenmediğini anlatıyor:

"Barcelona 92'dekilerle inanılmaz bir ekip olduk, WhatsApp'ta iletişim halindeler ama ben orada hiç olamadım. Canizares, üzgünüm ama beni davet etmedin."

Canizares da Marca gazetesine verdiği röportajda da Guardiola'nın görüşlerinden rahatsız olduğunu ve tahammül edemediğini belirterek, "Guardiola, futbol dünyasında yaşadığım en büyük hayal kırıklıklarından biri. Pep'e atfettiğim tek şey, benim paylaşmadığım ifadeleri ve ideolojik görüşleri. İspanyol olmaktan gurur duyduğum için şok oldum. Pep'in koç veya oyunculuk sürecine lafım yok ama düşünce tarzından bahsediyorum" dedi. 

Guardiola'yla iletişiminin bu nedenle koptuğunu belirten Canizares, "Artık birbirimize tahammül edemiyoruz. İspanya hakkında konuştuğunda kendimi çok kötü hissediyorum. Beyninin ne zaman mutasyona uğradığını bilmiyorum" dedi. 

Katalonya'da  Anayasa Mahkemesi'nin yasa dışı ilan etmesine rağmen 1 Ekim 2017'de yapılan referandumu ve 27 Ekim 2017'de Katalonya Parlamentosunda kabul edilen tek taraflı bağımsızlık deklarasyonu sonrasında eski Katalonya özerk yönetim hükümeti başkanı Carles Puigdemont ve 6 eski Katalan siyasetçi İspanya'dan kaçmıştı.

İspanya'da kalan ve henüz yargılanmalarına başlanmayan sanık Katalan siyasetçilerden 9'u tutuklu, 8'i de kefaletle serbest durumda bulunuyor. Ayrıca 3'ü Katalonya polisinden, 1'i de eski siyasetçi olan 4 kişi hakkında da soruşturma yürütülüyor.