Danıştay'ın aldığı karar sonrası Cumhurbaşkanlığı kararıyla Diyanet'e devredilen Ayasofya için Türkiye vatandaşı bir grup Ortadoks, Danıştay'a dava açtı. 

Habertürk'ten Fevzi Çakır'ın haberine göre, dava dosyasında, 1934 tarihli Bakanlar Kurulu kararına karşı 86 yıl sonra açılan davanın süre aşımı nedeniyle reddinin gerektiği, bu nedenle Cumhurbaşkanı kararının hukuka aykırı olduğu belirtildi.

Ayasofya’nın ibadete açılmasının, Türkiye’nin taraf olduğu UNESCO Dünya Kültürel Ve Doğal Mirasın Korunması Sözleşmesi İle Birleşmiş Milletler Kültürel Haklar Sözleşmesine aykırı olduğu da ifade edildi.

Dava dilekçesinde, "Türkiye’de yaşayan Rum Ortodoks azınlığın hakları ihlal edilmiştir. Cumhurbaşkanlığı kararının iptalini talep ediyoruz" denildi.

Danıştay, Ayasofya'nın camiden müzeye dönüştürülmesine dair 1934 tarihli Bakanlar Kurulu kararını 10 Temmuz 2020'de iptal etmişti. Danıştay’ın kararının ardından, Ayasofya, Cumhurbaşkanı kararıyla Diyanet İşleri Başkanlığına devredilmiş, ilk namaz 24 Temmuz 2020'de Cumhurbaşkanı Erdoğan'ın katılımıyla kılınmıştı.