Hâkimler ve Savcılar Yüksek Kurulu'nun (HSYK) 2009 yaz kararnamesinde yaşanan krizin ayrıntıları İlker Başbuğ hakkında hazırlanan iddianamede yer aldı. İddianamede, 'Soruşturma ve yargılamaları etkileme ve itibarsızlaştırma faaliyetleri' başlığı altında Başbuğ'un Ergenekon, İrticayla Mücadele Eylem Planı, Poyrazköy ve devam eden davaları hedef alan açıklama ve eylemlerine dikkat çekildi. Savcı, Ergenekon kapsamında tutuklanan Aydınlık Gazetesi yöneticisi Ufuk Akkaya'nın işyerinde yapılan aramada bilgisayarına kaydedilen "Bilgi notu Dursun Çiçek" isimli belgede Başbuğ'un Ergenekon hâkim ve savcılarını HSYK yoluyla görevden aldırmaya çalıştığı iddiasında bulundu. Belgede, "Deniz Kıdemli Kurmay Albay Dursun Çiçek: Tutuklanacağımı biliyordum. Genelkurmay da biliyordu. Bütün olasılıklara karşı hazırlıklıydık. Genelkurmay, Ergenekon soruşturmasını geç algıladı. Bu işin bu kadar büyüyeceğini (Karargâh'a kadar uzanacağını) hiç hesap etmediler. İlker Başbuğ her şeyin farkında. Bizzat kendisi bu durumu takip ediyor. Hâkim ve savcı haziran kararnamesi çok önemli. Yüksek yargı üyeleriyle görüşüldü. Bizzat İlker Paşa görüştü. Ergenekon savcılarında önemli bir değişiklik olabilir. Emniyetteki değişikliklerle ilgili de temaslar var..." ifadeleri bulunuyor. Söz konusu belgenin HSYK kararname görüşmelerindeki krizden önce 2 Temmuz 2009 tarihinde oluşturulmuş ve aynı tarihte son kez kaydedilmiş olduğuna vurgu yapılıyor. HSYK'da yaz kararnamesinin imzalanacağı aşamada kurul üyesi Ali Suat Ertosun, bakanlık kararnamesine alternatif bir teklif sundu. "2009 yılı CMK 250 Kararname Taslağı Hâkim-Savcı" başlıklı kararname taslağıyla, Ergenekon, KCK ve faili meçhul soruşturmalarını yürüten savcı ve hâkimlerin görevden alınması istendi. Yüksek yargıdan gelen diğer kurul üyelerinin de Ertosun'un teklifini desteklemesi sebebiyle kararname görüşmeleri kilitlendi. Bakanlığın Ergenekon soruşturmasında görev alan hâkim ve savcıların görevden alınması teklifine karşı çıkıp geri adım atmaması sonucunda 14 gün süren kriz, Ergenekon soruşturmasına eş başsavcı vekili ile Balyoz'da toplu tahliye kararlarına imza atan Oktay Kuban ve Yılmaz Alp gibi isimlerin atanmasıyla çözülmüştü. Kurulun yüksek yargıdan gelen üyeleri, İstanbul Cumhuriyet Başsavcısı Aykut Cengiz Engin, Başsavcı Vekili Turan Çolakkadı, soruşturmayı yürüten savcılar Zekeriya Öz, Fikret Seçen, Mehmet Ali Pekgüzel; Dursun Çiçek'i tutuklayan hâkimler Rüstem Eryılmaz, Resul Çakır; Sabih Kanadoğlu'nun evini aratan İdris Asan, faili meçhul cinayetler soruşturmasını yürüten Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcısı Durdu Kavak'ın görevden alınmasını istemişti. ZAMAN