ÇYDD ve ÇEV hakkında hazırlanan Ergenekon iddianamesi, son yerel seçime müdahale edilmeye çalışıldığını gösteriyor. İddianameye giren belgelerde, 2007 genel seçimlerinde, "Cumhuriyet Mitinglerine" rağmen başarısız olunduğundan bahsediliyor. Ve iddiaya göre, 2009 yerel seçimler hedef olarak seçiliyor. Dökümanda, madde madde 2009 yerel seçimleri öncesi yürütülecek faaliyetler sıralanıyor. İddaya göre belgede, Cumhuriyet Okurları Kulübü İstanbul Genel Koordinatörü Mustafa Namık Kemal Boya'nın imzası var. Ergenekon terör örgütü üyesi olmakla suçlanıyor. İddiaya göre sanık, ADD, ÇEV ve ÇYDD gibi derneklerle koordineli olarak çalışıyor. Ergenekon'un seçimlere müdahale iddiasını destekler bir telefon görüşmesi de iddianamede yer alıyor. ÇYDD üyesi sanık Hamdi Gökhan Ecevit, yasal dinlemeye takılan konuşmasında, "tezgah kuruyoruz" diyor.