Kılıçdaroğlu'nu şimdi de yaptığı atamalar zor durumda bıraktı. Döneminde SSK'ya alınan veya nakli sağlanan 22 personelin PKK ve diğer yasadışı örgütler ile ilişkisi olduğu ileri sürülmüştü. Kılıçdaroğlu'nun teklifi ve imzası ile gerçekleşen görevlendirmelerin, İçişleri Bakanlığı'nın raporlarına rağmen yapıldığı ortaya çıktı. Dönemin Çalışma Bakanlığı Teftiş Kurulu Başkanı Şinasi İpek, uyarılara rağmen atamalarda ısrarlı davranan Kılıçdaroğlu'nun yazılı olarak uyarılmasını istemiş. Çalışma ve Sosyal Güvenlik Bakanlığı ile İçişleri Bakanlığı'nın arşivlerinden çıkan belgelerde, söz konusu atamalarla ilgili çarpıcı tespitler yer alıyor. Bakan Nami Çağan'ın müfettiş Yusuf Aydın'a yaptırdığı 25 Haziran 1998 tarihli soruşturmada, Kılıçdaroğlu'nun 'Kars, Van ve Diyarbakır gibi illerin SSK hastanelerine örgütle ilişkili doktorları başhekim olarak atadığı' iddiası incelenmiş. Hazırlanan rapora göre SSK'ya geçişi sağlanan Dr. Muzaffer Irmak, Kılıçdaroğlu'nun teklifi ve imzası ile Van SSK Hastanesi'ne, Van Valiliği'nin 2 Aralık 1994 ve 4 Ocak 1995 tarihli itirazlarına rağmen atadı. Irmak'ın daha önce, PKK terör örgütü adına teröristlere 25 milyon lira makbuzsuz, 9 milyon lira da makbuzlu para yardımı yaptığı, evinde örgüt mensuplarını barındırdığının saptandığı belirtiliyor. Bu nedenle 1992'de kınama cezası alan Irmak hakkında 1994'te yapılan bir müfettiş soruşturmasında örgüte para yardımı ve yataklık yaptığı iddiaları yer alıyor. 29.12.1997 tarihine kadar SSK'da çeşitli hastanelerde çalıştıktan sonra Sağlık Bakanlığı'na atanan Irmak hakkında Van Valiliği'nin ilginç bir itiraz yazısı bulunuyor. Vali Mahmut Yılbaş imzası ile gönderilen yazıda, Dr. Irmak'ın hastalar arasında bile ayrımcılık yaptığı belirtiliyor. 'Valilerin raporlarını dikkate alın' Müfettiş raporunun sonuç bölümünde ise personel hareketlerinde mülkî idare amirleri ile müfettişlerin mütalaa ve önerilerinin SSK genel müdürü ve Yönetim Kurulu'nca dikkate alınması öneriliyor. Raporda, "Her ne kadar SSK Genel Müdürlüğü özerk bir kurum olsa da yönetim kurulunun atama konusunda takdir hakkı bulunsa da bu yetkinin ve özerkliğin hukuk dışı ve sınırsız olarak kullanılması mümkün olmadığı, kaldı ki Muzaffer Irmak'ın Van ve Kars illerinde görev yapmasının sakıncalı olduğunun hem müfettiş raporları hem de Erzincan ve Van ili valiliklerince belirtilmesine rağmen adı geçenin tekrar bu illerde görev yapmasının yönetim kurulunun ısrarlı davranmasının nedeninin anlaşılmadığı kanaatine varılmıştır." denildi. Müfettişler raporda Kılıçdaroğlu'nun yazılı olarak dikkatinin çekilmesini istedi.