Başbakanlık ve Vakıflar Genel Müdürlüğü, "Faaliyette Bulunan Cemaat Vakıflarını Gösteren Liste"de bulunmayan Surp Haç Ermeni Kilisesi Vakfı’nın başvurusunu reddetti. Vakıf da bu işleme karşı dava açtı. Davayı kabul eden Danıştay 10. Dairesi, ret işlemini iptal etti ve 15 Aralık 2005 tarihli kararında şu değerlendirmelere yer verdi: HERKES EŞİT Lozan Anlaşması’nın 39. maddesinde Müslüman olmayan azınlıklara mensup Türk uyruklarının, Müslü-manlarla aynı medeni hak-lardan yararlanacakları; 40. maddesinde azınlıklara mensup Türk uyruklarının, her türlü hayır kurumlarıyla dinsel ve sosyal kurumlar, her türlü okullar ve buna benzer öğretim ve eğitim kurumları kurmak, yönetmek, denetlemek ve buralarda kendi dillerini serbestçe kullanmak ve dinsel ayinleri serbestçe yapmak konularında "eşit" hakka sahip olacakları; 42. maddesinde Türk Hükümeti’nin Müslüman olmayan azınlıkların Türkiye’deki vakıflarına her türlü kolaylıklar ve izinler sağlayacağı belirtilmekte olup, andlaşmada yer alan sözkonusu hükümlerin azınlıkların farklı statüye sahip olmalarını değil öteki Türk uyruklarıyla aynı haklara sahip olmalarını ve aynı yükümlülüklere tabi tutulmalarını öngördüğü açıktır."