Almanya'da 9 Haziran-9 Temmuz tarihleri arasında yapılacak finallerde 23 ülkeden toplam 23 hakem görevlendirildi. Bu yıl 30 hakem seçmesi beklenen FIFA'nın, finaller boyunca yapılacak 64 maç için sadece 23 hakeme görev vermesi ise “sürpriz” olarak değerlendirildi. Güney Kore ve Japonya'da 2002 yılında yapılan son finallerde 36 hakem görev yapmıştı.FIFA Hakem Komitesi'nin, Frankfurt'ta testlere tabi tutulan 44 aday arasından yaptığı seçim sonucunda, 2006 Dünya Kupası Finalleri'nde şu isimler görevlendirildi: Essam Abd El Fatah (Mısır), Carlos Amarilla (Paraguay), Benito Archundia (Meksika), Carlos Batres (Guatemala), Massimo Busacca (İsviçre), Coffi Codjia (Benin), Frank De Bleeckere (Belçika), Massimo de Santis (İtalya), Horacio Elizondo (Arjantin), Valentin Ivanov (Rusya), Toru Kamikawa (Japonya), Jorge Larrionda (Uruguay), Shamsul Maidin (Singapur), Manuel Mejuto Gonzalez (İspanya), Markus Merk (Almanya), Lubos Michel (Slovakya), Graham Poll (İngiltere), Eric Poulat (Fransa), Peter Prendergast (Jamaika), Oscar Ruiz (Kolombiya), Mark Shield (Avustralya), Carlos Simon (Brezilya), Kyros Vassaras (Yunanistan)