Ancak arşivlerdeki 2009 yılı haberlere göre, Mustafa Gündoğan'ın adı Erdoğan'ın özel kalemi olarak geçiyordu ve o dönem Erdoğan'dan bu konuda bir itiraz gelmedi.

5 Temmuz 2009'da internethaber.com'da yer alan "Erdoğan nikah şahitliği yaptı" başlıklı haberde, "Başbakan Recep Tayyip Erdoğan, Özel Kalem Müdürü Mustafa Gündoğan'ın kızının düğün törenine katıldı" ifadeleri kullanılıyor. Nikahta Erdoğan şahit olarak bulunuyor. 

Yine bir başka haberde Mustafa Gündoğan-Erdoğan ilişkisine değiniliyor.

15 Mart 2003 tarihinde Hürriyet gazetesinde yer alan 'Başkanın adamları' başlıklı bir haberde Gündoğan için şu ifadeler kullanılıyor:

"Kendini Erdoğan’a adadı. Tanıyanlar Gündoğan'la Erdoğan arasındaki gönül bağının çok kuvvetli olduğunu söylüyor. Gündoğan, Erdoğan'la aynı köyden. Dostlukları yıllar öncesine dayanıyor. Erdoğan'ın Üsküdar Emniyet Mahallesi’ndeki evinin altında bulunan özel ofisinin sorumluluğu ona ait. Erdoğan'ın İstanbul'daki özel kalem müdürü. Ailenin özel işlerini de takip ediyor. Erdoğan, Atatürk Havaalanı'na adım atar atmaz hemen yanıbaşında beliren isimlerden. Karşılama, uğurlama, ziyaretçileri kabul etme onun işi. İstanbul'da kaldığı sürece Erdoğan'ın günlük programını yapıyor.