İddia edilen ETÖ sanıkları Doğu Perinçek ve Yalçın Küçük'ün Abdullah Öcalan'la samimiyetleri iki örgüt arasındaki derin bağlantıyı gözler önüne seriyordu. Bu ilişkinin yazılı belgesi ise 1. iddianamede yer aldı. "Panzehir" isimli belge, açıkça Ergenekon'un PKK'yı ele geçirip kendi hedefleri doğrultusunda kullanma planıydı. Ergenekon ve Balyoz soruşturmaları ilerledikçe TSK'ya sızan cunta ve PKK arasındaki derin ilişki iyice gün yüzüne çıktı. İddiaya göre Ergenekon Karargah Evleri üyesi 50 TSK personelini 2002'den sonra PKK'ya sızdırmıştı. Balyoz Soruşturması kapsamında ele geçen "Görev İlerleme Durumu" adlı belgede ise Balyoz sanığı Kadir Sağdıç'ın adının yer aldığı dokümanda başta PKK ve DHKP-C olmak üzere sol örgütlerin nasıl yönlendirildiği anlatılıyordu. Ve Türkiye'yi sarsan "Heron İhaneti" İddiaya göre PKK'lı teröristlere "Bizimkiler" diyenler Hava Pilot Üsteğmen Fırat Ç. Hava Pilot Yarbay Selami Selçuk Ç'ydi. Olaya adı karışan Tuğamiral Alaattin Sevim ise ilerleyen süreçte Dursun Çiçek imzalı Millete Komplo Planı ile ilgili şüpheli sıfatıyla ifade verdi. Askeri Casusluk sanıkları Üsteğmen Emrah K. ve TÜBİTAK'ta çalışan emekli yarbay Yücel Ç'nin bilgisayarından çıktığı iddia edilen notlar da PKK ile Ergenekon ilişkisini anlatan vahim dokümanlardı. O notlarda Türk Savunma Sanayii için hayati öneme sahip 6 projenin mutlaka dururdulması gerektiği yazılıydı. Burada da hedef yine PKK'yı kurtarmaktı. (SAMANYOLU HABER TV)