Ergenekon soruşturması kapsamında açılan ve bu davalarla irtibatlı olduğu gerekçesiyle birleştirilen toplam 16 iddianameye ilişkin dava, tek dava olarak devam edecek. 61'i tutuklu olan ve 256'ya yükselen sanıklar arasında İlker Başbuğ, Hurşit Tolon, Veli Küçük, Danıştay tetikçisi Alparslan Arslan ile CHP milletvekilleri Mustafa Balbay, Mehmet Haberal ve Sinan Aygün de yer alıyor. Ümraniye'de, bir ihbar üzerine 12 Haziran 2007 tarihinde Mehmet Demirtaş'a ait bir gecekonduda emekli Astsubay Oktay Yıldırım'a ait olduğu ileri sürülen mühimmat ele geçirilmişti. Bu tarihte başlatılan soruşturma, Türkiye'nin en kapsamlı soruşturması haline geldi. Birbiri ardına düzenlenen operasyonlar, birbiri ardına hazırlanan iddianamelerle davalara dönüştürüldü. 'Türkiye Cumhuriyeti hükumetini cebren, iskat ve görevini tamamen ya da kısmen yapmasını engellemeye teşebbüs' yani 'Darbe yapmaya teşebbüs' suçlamasıyla yüzlerce insan gözaltına alındı. Bazıları tutuklanan bu şüphelilerin birçoğu hakkında dava açıldı. Soruşturma kapsamında oluşturulan ilk iddianamede İşçi Partisi Genel Başkanı Doğu Perinçek ile emekli Tuğgeneral Veli Küçük'ün de aralarında bulunduğu 46'sı tutuklu toplam 86 sanık, ilk kez 20 Ekim 2008 tarihinde İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'nde yargılanmaya başlandı. Sanık sayısının fazla olması ve güvenlik gibi gerekçelerle yargılama, Silivri Cezaevi içinde bulunan ve duruşma salonuna dönüştürülen bir binada yapılmaya başlandı. Daha sonra soruşturma kapsamında 2. iddianame hazırlandı. Sanık sayısının artması ve duruşmanın görüldüğü salonun yetersiz kalması nedeniyle, cezaevinin giriş kapısının hemen yanına, 'Spor salonu' adı altında bir bina yapıldı. Adalet Bakanlığı'ndan alınan izin, temel atılması, inşaata başlanması hızlı gerçekleşen ve kısa bir sürede bitirilen bina, ikinci ve büyük duruşma salonu olarak faaliyete geçirildi. İkinci Ergenekon davasından kısa bir süre sonra soruşturmanın 3. iddianamesi de hazırlandı. İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi, 2 ve 3. iddianamelerde iddia edilen suçlamalar arasında bağlantı, sanıklar arasında da fiili ve hukuki irtibat bulunduğu gerekçesiyle birleştirme kararı verdi. İki davanın birleştirilmesiyle aralarında Mustafa Balbay, Tuncay Özkan, Hurşit Tolon ve İbrahim Şahin'in de bulunduğu 52'si tutuklu toplam 108 sanık bir arada yargılanmaya başlandı. Daha sonra da Dursun Çiçek'in ıslak imzası olduğu ileri sürülen 'İrticayla Mücadele Eylem Planı' belgesine ilişkin 7 sanıklı dava açıldı. O zaman muvazzaf Albay olan Dursun Çiçek'in tutuklu bulunduğu davada, Bedrettin Dalan da da firari sanık olarak yer aldı. Davada, Dalan'ın yurtdışına kaçmasına yardım ettiği iddia edilen MİT görevlisi Yılmaz Özel de tutuksuz sanıklar arasında bulundu. Bir tarafta yargılama yapıldı, bir taraftan da soruşturma devam etti. Bu iddianamelerden bazıları, Ergenekon davaları ile birleştirildi. Ergenekon ana davasına önce Alparslan Arslan'ın da sanıkları arasında yer aldığı 'Danıştay saldırısı ve Cumhuriyet Gazetesi'ne el bombası atılması olayları' na ilişkin dava dahil edildi. Ardından 'Hakan Saraylıoğlu'nun öldürülmesine ilişkin' dava, 'Vatansever Kuvvetler Güç Birliği Hareketi' davası, 'Alparslan Arslan'a, Danıştay saldırısında kullandığı Glock marka silah temin edilmesi'ne ilişkin' dava, 'Fener Rum Patriği Barthelemous'a suikast girişimi' davası, 'Savcı Zekeriya Öz'ün tehdit edilmesi' davası ile 'Cumhuriyet gazetesine molotof kokteyli atılmasına ilişkin' davaların da birleşmesi ile Ergenekon ana davasında toplam 8 iddianame, tek dava olarak görülmeye başlandı. Bu birleştirme kararlarının ardından davada sanık sayısı da 27'si tutuklu toplam 108'e yükseldi. Önce 3. Ergenekon davası birleştirilen İkinci Ergenekon davasına ise daha sonra 'Minas Durmazgüler'e suikast girişimi'ne ilişkin iki ayrı dava, 'Yusuf Erikel' davası da fiili ve hukuki irtibat bulunduğu gerekçesiyle dahil edildi. Böylece İkinci Ergenekon davasında sanık sayısı 18'i tutuklu 119'a yükselmiş oldu. Bu davalara paralel ve dönüşümlü olarak devam eden 'İrticayla Mücadele Eylem Planı' belgesine ilişkin dava da önce 'İnternet Andıcı' davası, ardından da eski Genelkurmay Başkanı İlker Başbuğ hakkında açılan dava ile birleştirildi. Tek dava olarak görülen bu üç davanın da yine davalar arasındaki bağlantı ve sanıklar arasındaki irtibat gerekçesi ile İkinci Ergenekon davası ile birleştirilmesine karar verildi. Böylece İkinci Ergenekon davasında da iddianame sayısı 8'e yükseldi. Yargılanan sanık sayısı ise 33'ü tutuklu 148'e yükseldi. 5 Nisan 2012 tarihinde verilen bu birleştirme kararının ardından 27 Nisan 2012 tarihinde görülen Ergenekon ana davasının, yine aynı gerekçelerle İkinci Ergenekon davası ile birleştirilmesine karar verildi. Böylece toplam 16 iddianamenin, tek dava dosyasında ve tek dava olarak görülmesine karar verilmiş oldu. Bu birleştirme kararının ardından Ergenekon davasında sanık sayısı da 61'i tutuklu toplam 256 olarak yenilendi. Danıştay davasının tetikçisi Alparslan Arslan, Osman Yıldırım, İlker Başbuğ, Hurşit Tolon, Veli Küçük, Mustafa Balbay, Doğu Perinçek, Dursun Çiçek, Tuncay Özkan ve İbrahim Şahin'in de aralarında bulunduğu 256 sanık ile ilk duruşması 7 Mayıs'ta Silivri cezaevi içindeki küçük duruşma salonunda görülecek. Aynı anda 365 sanıklı Balyoz davası da Silivri Cezaevinin bitişiğinde bulunan büyük duruşma salonunda görülmeye devam edecek.