15 Temmuz darbe girişiminin ardından ilan edilen olağanüsatü hâl kapsamında yayımlanan kanun hükmünde kararnameyle  (KHK) tüm askeri okullar kapatılmış, yerine Milli Savunma Üniversitesi kurulmuştu.

Cumhurbaşkanlığı Basın Merkezi'nden yapılan açıklamaya göre, Erdoğan, yeni kurulan Milli Savunma Üniversitesi Rektörlüğüne, Türkiye Cumhuriyeti Anayasası'nın 130'uncu ve 669 sayılı Kanun Hükmünde Kararname'nin 5'inci maddeleri uyarınca, Milli Savunma Bakanı Fikri Işık'ın önerdiği ve Başbakan Binali Yıldırım'ın uygun gördüğü adaylar arasından Prof. Dr. Afyoncu'yu atadı.

Erhan Afyoncu, Marmara Üniversitesi Atatürk Eğitim Fakültesi, Sosyal Bilgiler Eğitimi Bölümü Tarih Öğretmenliği Anabilim Dalından 1988 yılında mezun oldu. Bir yıl sonra Marmara Üniversitesi Atatürk Eğitim Fakültesi, Sosyal Bilgiler Eğitimi Bölümünde araştırma görevlisi olarak 1989 yılında işe başladı. Yüksek lisansını Necati Efendi Tarih­i Kırım (Rusya Sefaratnamesi) tezi ile yaptı. 2014 yılında ise profesör oldu.