Sarı lacivertliler, Lizbon'daki rövanşta bu sezon 18'inci Avrupa kupaları maçına çıktı. Sarı kırmızılı takım, UEFA Kupası'nı kazandığı 1999-2000 sezonunda 17 maç oynamıştı. F.Bahçe ise, bu sezon UEFA Avrupa Ligi'nde 13 maç yaptı. şampiyonlar ligi'nde ön elemelerde 4 maç oynayan temsilcimiz, finale yükselmesi durumunda sezonu 19 Avrupa mücadelesi ile tamamlayacak.

Organizasyonun UEFA Avrupa Ligi adıyla oynanmaya başlamasından itibaren bu kupada toplam 27 maça çıkan sarı-lacivertli takım, 15 karşılaşmayı kazandı, 8 beraberlik aldı, sadece 4 müsabakada yenildi. EFA Avrupa Ligi'nde daha önce 3 kez son 32 takım arasında yer alan Fenerbahçe, bu sezon büyük bir çıkış yaparak yarı finale kadar geldi.

2006-2007 sezonunda Avrupa arenasında UEFA Şampiyonlar Ligi 3. ön eleme turunu geçemeyen sarı-lacivertliler, yoluna UEFA Kupası'nda devam ederken, grup aşamasında da ilk kez bu sezon yer aldı. Fenerbahçe, ikinci tur mücadelesinde H Grubu'nda 4 maçta 1 galibiyet alıp, 1 kez berabere kaldı, 2 karşılaşmada da yenildi. Dört puanla 3. tura yükselen Fenerbahçe, bu turda Hollanda'nın AZ Alkmaar takımı ile eşleşti. İstanbul'daki maçta rakibiyle 3-3 berabere kalan sarı-lacivertliler, deplasmanda da 2-2'lik beraberlikle kupaya veda etti.

2009-2010 sezonunda Avrupa mücadelesine UEFA Avrupa Ligi 3. eleme turundan başlayan Fenerbahçe, yine son 32 takımın bulunduğu turda Avrupa'ya veda etti. H Grubu'nda yer alan Fenerbahçe, Hollanda'nın Twente takımına karşı İstanbul'daki ilk maçı 2-1 kaybettikten sonra, üst üste diğer 5 karşılaşmasını kazanarak 15 puanla grubu birinci tamamladı. Son 32 takımın yer aldığı turda Fransa'nın Lille takımıyla eşleşen Fenerbahçe, 2-1'lik yenilgi ve 1-1'lik beraberlikle kupadan elendi.

Sarı-lacivertli ekip, eski adı UEFA Kupası, yeni adı UEFA Avrupa Ligi olan bu organizasyonda geride kalan 81 maçta 33 kez kazandı, 18 maçta berabere kaldı, 30 maçta da yenildi. Fenerbahçe, bu sezonun yanı sıra, tarihinde 1971-1972, 1972-1973, 1973-1974, 1976-1977, 1977-1978, 1980-1981, 1984-1985, 1990-1991, 1992-1993, 1994-1995, 1995-1996, 1997-1998, 1998-1999, 1999-2000, 2002-2003, 2004-2005, 2006-2007, 2009-2010 ve 2010-2011 sezonlarında UEFA Avrupa Ligi kulvarında mücadele etti.