2005-06 sezonunun başında takımda forma şansı bulamayan Yılmaz, özellikle ikinci yarıda takımının değişmez isimlerinden oldu. 24 maçta 9 gol atan Burak Yılmaz, takımının lig ikincisi olarak Süper Lig'e çıkmasına yardım etti. Sezon içinde gördüğü 2 kırmızı kartla da agresif yönünü gösterdi.