Villarreal CF: Sociedad'da geçirdiği 4,5 yıldan sonra, 2006'da sözleşmesi bitince Villareal'e bonservis ödenmeden transfer oldu. 2006-07 sezonuna kadroda yer almaya başlasa da yine bir sakatlık geçirip sadece 9 maç forma giyip, Kasım ayında sezonu kapadı. Villareal sezonu 5. olarak kapamıştı. 2007-08 sezonu Nihat'ın geri dönüşü anlamına geliyordu. 38 maçın 34'ünde forma giyen futbolcu 18 gol kaydetti. Böylece takımının en golcü ismi ve gol krallığında 4. oldu. Raul Gonzalez ve David Villa da 18 gol atmıştı ancak Nihat'ın attığı 18 golün hiçbiri penaltıdan değildi. Villareal sezon sonunda kariyerinin en iyi derecesini alarak La Liga ikincisi oldu. UEFA Kupası ile Avrupa'ya dönen Nihat, 6 maçta 3 gol kaydetti ancak Villareal, son 32'de o sezon şampiyon olacak Zenit St. Petersburg'a uzatmalarda elendi.