İkinci Beşiktaş dönemi: 2009-10 sezonunda Villareal'den 4,5 milyon € bonservis bedeli ile başkan Yıldırım Demirören tarafından tekrar Beşiktaş'a getirildi ve 3 yıllık sözleşme imzaladı. 17 Ekim 2009'da Kasımpaşa karşısında uzun yıllar sonra Süper Lig'deki ilk golünü kaydetti. Nihat, ilk sezonunda 23 maç oynadığı Beşiktaş'ta ağları ligde 3 kez havalandırıp, hayal kırıklığı yarattı. Türkiye Kupası'nda ise 3 maçta 2 gol attı. Bir kez daha UEFA Şampiyonlar Ligi'nde oynayan Nihat, 4 kez de Avrupa maçına çıktı.