Buna göre artık GATA'da tedavi gören hastaların kayıtlarına personel kendi özel şifresini girerek ulaşabiliyor. Bu da hangi hastanın kayıtlarına hangi personelin baktığını tespit etme imkanı sağlıyor. Bu yolla, GATA'da tedavi gören Ergenekon ve Balyoz davası sanıklarıyla ilgili bilgilerin dışarı sızmasının engellenmeye çalışıldığı iddia ediliyor. Sanık paşa ve diğer rütbeli askerlerle ilgili hasta kayıtlarının dışarıya sızması, İstanbul Haydarpaşa'da bulunan GATA'yı harekete geçirdi. Kayıtların gizli kalmasını sağlamak için doktorlara özel şifre verildiği ileri sürülüyor. Mevcut otomasyon sistemi olan Askeri Sağlık Otomasyon Sistemi (ASOS) ile personel kendi şifreleriyle bütün hastaların rahatsızlıkları ve hastaya yapılan tetkikleri rahat bir şekilde görebiliyordu. GATA'nın resmi internet sitesinde hizmetler bölümü altındaki şu yazı da ASOS'un hastalarla ilgili kayıt işlemlerinin herkese açık olduğunu gösterir nitelikte: "Poliklinikler hastayı ilk hastane ASOS sistemine kayıt eden görevli ve muayene eden hekim ve laboratuvar personeli dahil tüm personel her hastaya her konuda yardımcı olur." İddiaya göre bir süre önce getirilen ek genelgeyle artık GATA'ya rahatsızlıkları sebebiyle gelen paşalar ve diğer rütbeli askerler başta olmak üzere bütün hastaların rahatsızlık ve tetkik kayıtlarını sadece hastaya bakan doktor kendi şifresiyle görebilecek. Şu ana kadar üst düzey komutanlar dahil, Ergenekon ve Balyoz davalarında sanık olan birçok isim GATA'nın yolunu tuttu. Bu isimler şöyle: 1 seneden fazla GATA Haydarpaşa Hastanesi'nde yatan Balyoz tutuklusu eski 1. Ordu Komutanı emekli Orgeneral Ergin Saygun, diğer Balyoz sanıkları eski 1. Ordu Komutanı emekli Orgeneral Çetin Doğan, emekli Tümgeneral Recep Rıfkı Durusoy, Ergenekon davası sanıkları Jandarma eski Genel Komutanı emekli Orgeneral Şener Eruygur, 1. Ordu Komutanı emekli Orgeneral Hurşit Tolon, eski Jandarma İstihbarat Başkanı emekli Tuğgeneral Levent Ersöz ve emekli Albay Hasan Atilla Uğur.