İzmir polisi cemaate destek açıklamalarıyla halkı kin ve nefrete sürüklemek’ suçlamasıyla hakkında arama kararı bulunan Kutbettin Gülen’in kentte olduğu bilgisi üzerine, 2 Ekim 2016’da harekete geçti. Gaziemir’de Kaynak Holding’e bağlı faaliyet gösteren Çağlayan Matbaası’na kayyım atanmadan önce danışman olarak görev yapan Kutbettin Gülen’in yurt dışından döndüğünü belirleyen polis, Gaziemir’deki bir akrabasının evinde gözaltına aldı. Emniyetteki işlemlerinin ardından adliyeye sevk edilen Kutbettin Gülen tutuklandı, hakkında dava açıldı.

İzmir 14’üncü Ağır Ceza Mahkemesi’ndeki yargılamada, Kutbettin Gülen duruşmaya tutuklu bulunduğu Denizli T Tipi Kapalı Ceza İnfaz Kurumu’ndan Ses ve Görüntü Bilişim Sistemi (SEGBİS) aracılığıyla katıldı. Sanığın avukatı ise duruşmada hazır bulundu. Duruşmada dinlenen tanık M.P., kapatılan Çağlayan Matbaası’nda çalıştığı dönemle ilgili soyut suçlamalar ve baskı gördüğü gibi ifadelerde bulundu.

Duruşma savcısı verdiği mütalaasında, kapatılan Bank Asya’ya Gülen’in talimatıyla para yatırdığını iddia ettiği Kutbettin Gülen'le önceki celsede tanık olarak ifade veren Nurettin Veren’in kolluk kuvvetlerinde verdiği ifadesinin daha kapsamlı olduğunu ve buna itibar edilmesi gerektiğini söyledi. Yargılama aşamasında elde edilen delillerin de dikkate alındığı belirten savcı, Kutbettin Gülen’in ‘Silahlı terör örgütü üyesi olma’ suçundan cezalandırılması ve tutukluluk halinin devamına karar verilmesini istedi.

Son kez söz alan ve hakkındaki suçlamaları, aleyhine olan tanık ifadelerini kabul etmeyen Kutbettin Gülen, uzun süredir tutuklu bulunduğundan sağlık problemleri yaşadığını anlattı, beraat ve tahliye talebinde bulundu. Sanık Avukatı Hasan Özçelik ise müvekkilinin sadece Fethullah Gülen’in kardeşi olmasından dolayı yargılandığını, örgüt üyeliği kriterlerini taşımadığını belirtti.  Mahkeme heyeti, ‘Silahlı terör örgütü üyesi olma’ suçundan 7 yıl hapis cezasına çarptırdığı Kutbettin Gülen’in bu cezasını Terörle Mücadele Kanunu’nun (TMK) ilgili maddesi gereğince yarı oranında artışla 10 yıl 6 aya yükselterek tutukluluk halinin devamına karar verdi.