TSK üzerinde kadrolar savaşı yaşandığını ifade eden Babahan, tasfiye olan Ulusalcıların tekrar etkili yerlere gelmek istediğini anlattı:

''Ergenekon ve Balyoz'la ulusalcılar TSK'da zemin kaybetti. Anladığım kadarıyla öngörülebilir bir gelecekte komuta kademesine NATO eğitimi almış, Batı'ya uyumlu askerler gelecek ve o yapıyı değiştirmeye çalışıyorlar.  Bir tasfiye dalgası oluşturup o yapıyı değiştirip yerlerine ulusalcı subaylar getirmek istiyorlar. Genelkurmay da buna direniyor ve sert tepki gösteriyorlar''

Hürriyet gazetesinin havuz medyasına dahil olmasını da yorumlayan Babahan, Ergenekon-AKP ittifakına vurgu yaparak Hürriyet'in amaçları için en uygun zemin olduğunu söyledi:

''Hürriyet'in tarihsel genlerinde de ulusalcı askerlerle işbirliği vardır. Ergenekon, Balyoz gibi operasyonlar döneminde  bunlara refleks olarak sahip çıkması gibi. Sanıyorum ki Genelkurmay bu anlayıştan çok rahatsız. Terfi gibi, komuta kademesi gibi askerin iç işlerini ilgilendiren konulara dışarıdan saldırılar düzenlenmesine yönelik tavrından bu yüzden geri adım atmıyor görüntü itibariyle''

AKP'nin askerle ilişkilerini derin yapıyla yaptığı ittifak üzerinden yorumlayan Babahan bunun kendi ipini çekmek anlamına geldiğini de ifade etti: 

''Burada AKP için asıl risk ulusalcıların tekrar komuta kademelerinde yükselmesidir. Batı eğitimi almış kadrolar her türlü demokrasi dışı girişimden uzak durur. Ulusalcı komutanlarsa laiklik, bölünme gibi konuları öne sürerek darbe meraklısıdırlar. Bazen bir hamle yaparsınız, ama bu hamle sizin sonunuzu çok hızlandırır. Bu bir ittifakın sonucu, anlaşma böyle belli ki ve AKP ondan çıkamıyor'