2007-08 sezonunda takımın başına Ertuğrul Sağlam geçti. Sağlam döneminde Yılmaz daha az forma şansı bulmaya başladı. Sezonun ilk yarısında 9 maçta forma giyen Burak Yılmaz tek golünü Trabzonspor'a kaydetti. UEFA Şampiyonlar Ligi eleme gruplarında bir maçta forma giydi. Gruplarda ise grubun son maçı olan FC Porto maçında ilk 11'de sahaya çıksa da devre arasında oyundan alındı.