MotoGP 2009 Sezonu'nun ilk ayağı olan Katar Grand Prixi'ne damgasını vuran ve startın 24 saatlik bir gecikmeyle, pazartesi akşamı verilmesine sebep olan şiddetli yağmur Japonya'da da başroldeydi. Motegi'de pist üzerinde oluşan su birikintilerinin pilotlar açısından tehlike yaratacağı fikrinde birleşen yarış komiserleri sıralama turlarının iptalini ve startın antrenmandaki derecelere göre verilmesini kararlaştırdı. Yamaha'nın dünya şampiyonu pilotu Valentino Rossi bu gelişmenin ardından Motegi'de pole pozisyonunun sahibi olurken, kendisini Casey Stoner ve Jorge Lorenzo izledi. 1. Valentino Rossi Yamaha 1d48.545s 2. Casey Stoner Ducati 1d48.601s +0.056 3. Jorge Lorenzo Yamaha 1d48.965s +0.420 4. Chris Vermeulen Suzuki 1d49.382s +0.837 5. Colin Edwards Tech 3 Yamaha 1d49.697s +1.152 6. Loris Capirossi Suzuki 1d49.980s +1.435 7. Andrea Dovizioso Honda 1d50.030s +1.485 8. Marco Melandri Hayate Kawasaki 1d50.123s +1.578 9. Toni Elias Gresini Honda 1d50.209s +1.664 10. James Toseland Tech 3 Yamaha 1d50.342s +1.797 11. Dani Pedrosa Honda 1d50.391s +1.846 12. Nicky Hayden Ducati 1d50.393s +1.848 13. Yuki Takahashi Scot Honda 1d50.404s +1.859 14. Sete Gibernau Hernando Ducati 1d50.538s +1.993 15. Alex de Angelis Gresini Honda 1d50.601s +2.056 16. Randy de Puniet LCR Honda 1d50.669s +2.124 17. Mika Kallio Pramac Ducati 1d51.643s +3.098 18. Niccolo Canepa Pramac Ducati 1d51.929s +3.384