Raporun depremle ilgili bölümünde de ürkütücü veriler yer aldı. Kanal İstanbul güzergahında bulunan Küçükçekmece Gölü'nde aktif faylar olduğuna dikkat çekilerek bu fayların Kuzey Marmara Fayı'nın hareketine bağlı olarak orta kuvvette depremler oluşturabileceği vurgulandı. 

Raporda şu uyarılar yapıldı: “Kanalı şiddetle etkileyecek en önemli deprem kaynağı, projenin güney bölgesinden 10-12 km uzaklıktaki deniz tabanında yatan Kuzey Marmara Fayı'nda beklenen büyük depremlerdir. Küçükçekmece Gölü içindeki diri faylar ve bu fayların çevredeki diğer jeolojik olgularla ilişkisi tetiklenmiş depremsellik ihtimalini arttırmaktadır." 

Raporun devamında, "Kanalın depremler sırasında nasıl tepki vereceği hayati bir araştırma konusudur. Kanalın deprem sırasında kayması, kırılması veya burulması çok büyük felaketlere sebep olabilecektir. Kanal İstanbul ve çevresindeki yeni yerleşim alanları sebebiyle muhtemel bir depremin sebep olacağı can ve mal kaybı riski de yükselecektir. Kanal kazısı sırasında kaldırılacak 4,5 milyar tona yakın hafriyat sebebiyle alandaki doğal gerilme ve yeraltı gözenek basıncı dengeleri bozulacağından çeşitli büyüklüklerde tetiklenmiş depremsellik görülebilecektir.” denildi.

Kanal İstanbul projesinin bitişiğinde yakıt kullanımı ve kaza riski açısından büyük tehlikeler taşıyan ve uluslararası havacılık güvenlik kurallarına göre 6 km içerisinde yakıt depolaması yapılamayacağı bilinen 3'üncü havalimanının bulunduğuna işaret çekilerek, “Seyir, can, mal ve çevre güvenliği açısından Kanal'da seyreden son derece kısıtlı ve sınırlı manevra imkan sahip tankerler, kanal çevresinde yapılması planlanan yaşam alanları üzerinde öngörülemeyecek tehditler oluşturacaktır.” değerlendirmesinde bulunuldu.

Kanal İstanbul'un 45 km'lik güzergahının orman, tarım gibi yerleşme alanlarını, dünyada örneği nadir kalmış coğrafi varlıklardan olan Küçükçekmece lagün ve kumul alanlarını, İstanbul'un içme suyu ihtiyacının bir kısmını karşılayan Sazlıdere Barajı ve havza alanlarını yok ettiği vurgulandı. Bölgenin İstanbul'un en önemli ekolojik koridoru olduğuna dikkat çekilerek “Terkos havzası da dahil 3. Havalimanı ve 3.Köprü'den geriye kalan bütün orman alanları, tarım alanları, meralar, yer altı ve yer üstü su toplama havzaları, Karadeniz ve Marmara kıyıları dahil olmak üzere bütün coğrafyanın inşaat ve yıkım alanı olarak tasarlandığı anlaşılmaktadır” denildi.