“Ergenekon adı altında bir terör örgütünün varlığına hükmedilemedi” denilen 739 sayfalık gerekçeli kararda, mahkeme heyeti "beraat" kararı vermesine rağmen dikkati çeken ifadelere yer verdi.

Cumhuriyet gazetesinin "skandal ifadeler" başlığıyla haberleştirdiği gerekçeli kararla ilgili haberine göre mahkeme heyeti, "Ergenekon davasının kumpas olmadığı şeklinde görüş bildirir." ifadelere yer verdi. Kararda, “Soruşturmaların tamamının ortada hiçbir şey yokken ortaya atılmış tamamen uydurulmuş delillere dayandığına dair de elde somut deliller yoktur.” denildi.

İstanbul 4'üncü Ağır Ceza Mahkemesi’nin gerekçeli kararında, “Örgütün; nerede, ne zaman, kim ya da kimler tarafından ne amaçla kurulduğunun somut olarak ortaya konulamadığı, dosyadaki dokümanların örgütün varlığını açıklamak için yeterli olmadığı, örgüt faaliyeti kapsamında daha önce işlenmiş suçların ortaya konulamadığı” belirtildi.

Ayrıca kararda, Yargıtay tarafından bozulan hükümde örgüt gerekçesinde kullanılan bazı delillerin Ceza Muhakemesi Kanunu'nun 134'üncü maddesine aykırı olarak toplandıklarından hükme esas alınamayacağı ifade edildi.

Mahkeme heyeti kurduğu hükümde Ergenekon davası sanıkları hakkında “delil yetersizliğinden” beraat kararı verilmesine ilişkin soruşturmayı yapan hâkim, savcı ve güvenlik güçlerini sözde terör örgütü şeması içine alarak soyut kavramlarla açıklamaya çalıştı:

Mahkeme verdiği hükümde bazı delillerin yasal olmadığını belirtmesine karşın, soruşturmanın tamamının ortaya atılmış, uydurulmuş delillere dayandığına dair de elde somut deliller olmadığını belirtti.

Kararda özetle şu ifadeler yer aldı:

“‘Ordu göreve’ pankartının açıldığı Cumhuriyet mitingleri düzenlenmesi, Cumhuriyet çalışma grubu adı altında TSK’nın görevi kapsamında olmayan idarenin alanına müdahale eden işlemlerin yapılması, irtica.org internet sitesinde yayınlananlar, bunlardan bazı haberlerin Ak Parti’nin kapatılması davasında delil olarak sunulması, Ümraniye’de el bombalarının bulunması, aramalarda Yargıtay binasının krokisinin bulunması, NATO tesislerinin fotoğraf ve komutan isim listesinin ele geçirilmesi ve bunlara yönelik saldırı hazırlığı iddiaları, sanık İbrahim Şahin'in ilgili adreslerinden bulunan patlayıcı madde, silah ve mühimmatlar, mahkememizce uyma kararı verilen Yargıtay 16'ncı Ceza Dairesi’nin bozma ilamında yasal delil olmadığı belirtildiğinden hükme esas alınmayan sanıklar Fikret Emek ve Mustafa Dönmez’in ilgili oldukları adreslerde yapılan aramalarda ele geçen silah ve patlayıcı maddeler bulunduğu gerçekleri, sanık Mustafa Dönmez’in ajandasından ele geçen krokiyle ilgili Adli Tıp Kurumu Fizik İhtisas Dairesinin kanaat belirtememesi, aynı ajandanın 8. sayfasındaki krokiyle ilgili kanaat verici bir raporun bulunmaması, bu sanığın mahkememize sunduğu aramalardaki kolluk görevlilerinin konuşma ve görüntüleri içeren videonun sanığa Emniyet Genel Müdürlüğünce verildiğinin teyit edilememesi, yasal delil elde olmaması sebebiyle delil olarak kabul edilmese de iddialara konu teşkil eden bazı vakıaların dosyaya yansıması (Kuvayı Milliye Derneğinde silah üzerine yemin edilmesi, Vatansever Kuvvetler Güç Birliği hareketi, Türk İntikam Tugayı adı altında faaliyetlere dair iddialar), sanık Doğu Perinçek ve arkadaşlarına yönelik yapılan soruşturmalarda elde edilen deliller yasal kabul edilmeyerek hükme esas alınmamış ise de bunlarla ilgili yapılan iddiaların şüphe düzeyinde kalması bu iddiaların kesinlikle yalan olduğuna dair de kesin delillerin bulunmaması, irtica ile mücadele eylem planı belgesindeki imzanın sanık Dursun Çiçek’in eli mahsulü olduğu ya da olmadığına dair kesin bir delile ulaşılamaması, keza internet andıcı olayında olduğu gibi TSK’nın görev tanımında olmayan hükümetin yetki ve görevinde bulunan konularla ilgili propaganda çalışmalarının yapıldığının anlaşılması hususları bir arada değerlendirildiğinde gerek Ergenekon adı altında bir örgütün kurulduğu gerekse bu örgüte üye sanıkların olduğu ve bu örgüt faaliyeti çerçevesinde başta anayasayı ihlal ve hükümete karşı suç olmak üzere birçok suçun işlendiği iddialarıyla ilgili delil yetersizliğinden beraat kararı verilmesi gerektiği sonucuna varılmıştır.”