Malatya'daki Zirve Yayınevi katliamı davasında, 2000-2008 yılları arasında Malatya'da verdikleri konferanslarla katliama zemin hazırlıdıkları iddia edilen ve aralarında Ergenekon sanıklarının da yer aldığı kişilerin konuşmaları bilirkişi raporuyla deşifre edilerek dava dosyasına delil olarak girdi. Zirve Yayınevi davasına bakan Malatya 3. Ağır Ceza Mahkemesi, Ergenekon davasında tutuklu bulunan İnönü Üniversitesi eski rektörü Fatih Hilmioğlu döneminde üniversitede verilen konferansları mercek altına almıştı. 2000-2008 yılları arasında gerçekleştirilen konferanslara çağrılan 139 isim arasında yer alan Balyoz davasının bir numaralı sanığı emekli Orgeneral Çetin Doğan, Yargıtay eski Başsavcısı Sabih Kanadoğlu, CHP'li milletvekili Necla Arat, Ergenekon davası sanıkları emekli Orgeneraller Hurşit Tolon, Şener Eruygur ile Kemal Yavuz, Tuncay Özkan ve Mustafa Balbay'ın verdiği konuşmalarının deşifresi dava dosyasına delil olarak girdi. Mahkemenin, bilirkişilere yaptırdığı deşifreleri incelediği ve gerek görürse adı geçen kişilerin ifadesine başvurabileceği belirtildi. “Katliama zemin hazırladıkları” iddia edilen konferanslara katılan isimleri daha önce Ergenekon davasına bakan İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi de talep etmişti. Star'ın ulaştığı kayıtlarda, şu bölümler dikkat çekti: ‘Makaryoslar yetiştireceğiz' - Hurşit Tolon'un kaliamın yaşandığı 18.04.2007'deki konuşması: “(...) Lozan Antlaşması hükümlerine göre 55 bin civarında Ermeni, 25 bin civarında Musevi, 25 bin civarında da Rum var. Başta Patrikhaneyi ekümenik olarak kabul edeceksiniz, Patriği dünya çapında bir merkez yapacağız. Bir Vatikan oluşturacağız. O yetmeyecek Heybeliada'daki Ruhban okulunu açacaksınız. Niye açacağız? Yeni Makaryoslar yetiştireceğiz. Onlar istediği gibi Türkiye'de at koşturacak...” Ciddi tehdit ve tehlike altındayız - Sabih Kanadoğlu'nun 28.09.2006 tarihli konuşması: “(...”Bugün cumhuriyetin kuruluş felsefesi ve temel nitelikleri ciddi bir tehdit ve tehlike altındadır. Bu tehdit ve tehlike sadece yurtiçinden gelmemekte, yurtdışından pompalanmaktadır...” Sokakta bile dolaşamayacaksınız - Necla Arat (14.04.2006):  “...Kanın gövdeyi götürdüğü, iç savaşın var olduğu bir ortamda başka çare yoksa o zaman silahlı kuvvetler topluma düzen vermek amacıyla gelmek durumundadır.” - Emekli Org. Kemal Yavuz (7. 10. 2005): ...Türk milliyetçiliği anlayışı ülke ve millet bütünlüğüne dayanır. Bundan asla vazgeçilmez...” - Vural Savaş (31.03.2006): Hepinizi uyarıyorum, artık iki sene içinde sokaklarda bile dolaşamaz hale geleceksiniz. Türkiye Cumhuriyetini artık anlaşılmıştır ki politikacılardan ve hatta en önemli görevlere getirilen cumhuriyet korumak kollamakla görevlendirilen insanlar, sizlerin bilicinde değil. Ama sizin bilinci yükseldikçe, mücadele azminiz arttıkça Türkiye cumhuriyetinde de uyanma olacaktır... - Mustafa Balbay (10.11.2005): Katılım ortaklığı belgesinde azınlık haklarını vermiyorsunuz, vakıfları korumuyorsunuz Patrikhaneyi açmıyorsunuz, Ruhban okulu açmıyorsunuz diyor... - Çetin Doğan (11ve 13 Nisan 2005) : 28 Şubat 1997'ye geldiğimizde tarikatların sayıları 600'dü ve mevcutlarıysa 500 üzerine çıkmıştır. Bu okullardaki öğretmen sayısı da 19 bini bulmuştur. İrtica, saltanatını bir ülkenin eğitimini el geçirerek kurar ve böylece kökleşir. Karanlıkla aydınlığın savaşı devam ediyor... - Şener Eruygur (11-13 Nisan 2005) : ...Küreselleşelim siz ulusal bilincinizi kaybedin. Küreselleşelim sizin içinizdeki azınlıkları arttıralım' şeklindeki düşüncelerin amansız karşıtı bulduğumuzu açıklamaya zaten gerek yok... - Tuncay Özkan (26 Nisan 2006) : Şimdi Ermeni konferansları düzenleniyor. Bazı üniversiteler bu tek taraflı konferansları söylemleri çok önemsiyor. Ama kimse beni dinlemiyor...