Hakkında "Kutlu Adalı" cinayeti nedeniyle soruşturma açılan organize suç örgütü lideri Sedat Peker'in kardeşi Atilla Peker, müracaat savcılığına verdiği dilekçede, gazeteci Kutlu Adalı'yı öldürmek için eski MİT'çi Korkut Eken'le Kıbrıs'a gittiklerini iddia etti. Peker'in iddiaları sonrası konuya ilişkin açıklama yapan Eken, Adalı'yı tanımadığını söyleyerek cinayet iddialarını reddederken, Peker'le Kıbrıs'a PKK faaliyetlerini incelemek amacıyla gittiğini öne sürdü.

Peker'i neden yanında götürdüğüne ilişkin olarak çıkan tartışmalar sonrasında bugün de Sözcü gazetesi yazarı Saygı Öztürk'e konuşan Eken, "Orada PKK ile bir çatışma olursa yanımda birisi olsun istedim. Bu tür olaylarda o günkü devlet stratejisine göre devlet görevlisi yerine ‘eleman' kullanılıyordu. Tabii aslolan devletin kendi elemanlarını kullanmasıdır. Şimdi aslan gibi arkadaşlar bu işleri yapıyor. Şu anda MİT'in yurtdışı operasyonlarını izliyorum, çok büyük başarılar elde ediliyor. Teknik imkanlar çok. Bize para-pul da vermezlerdi. O zaman örtülü ödeneği harcamayıp seneye aktarmak önemliydi" dedi. 

Eken, "Bakın, siyasiler birbirine arka çıkıyor. ‘İçişleri Bakanın yanındayım, arkasındayım' denilip konu kapatılıyor. Peki Korkut Eken'in arkasında kim var? Allah'tan korkulur. Şanımla, şerefimle arkadaşlarımla görevlerimi en başarılı biçimde bitirdim, emekli oldum. Başarısız hiçbir operasyonum olmadı" ifadelerini kullandı.