Safra, karaciğerde sentez edilen ve karaciğer içi safra kanalları ile onikiparmak bağırsağına aktarılan bir vücut sıvısıdır.  Günlük 1,5 litre arasında sentez edilir. Karaciğerde üretilen safranın küçük bir kısmı, safra kesesinde depolanır.  Safra kesesi ise karaciğerin alt kısmında karaciğere yapışık olarak bulunan yaklaşık 50 ml safra depolama kapasitesi bulunan kanalı ile ana safra yoluna açılan ve karaciğerde yapılan safranın küçük bir kısmının depolanması ve yoğunlaştırılması ile ilgili bir organdır.  Safra kesesinin içinde depolanan safranın sıvı kısmı emilir ve daha kıvamlı hale getirilir. Özellikle yağlı bir yemek sonrasında safra kesesi uyarılır, kese kasılır ve içindeki safrayı onikiparmak bağırsağına boşaltır. Aktarılan bu safra, fosfolipitler, kolesterol, safra tuzları bilirubin gibi organik ve elektrolitler gibi organik olmayan maddeler ihtiva eder. Safra besinler ile alınan suda çözünmeyen özellikteki lipidlerin ve kolesterolün çözülmesini ve emilmesini sağlar.

Karaciğer tarafından üretilen safranın bir kısmı, safra kesesinde depolanıp, yoğunlaştırılarak ortak kanal ile on iki parmak bağırsağa iletilir. Yağlı gıdaların sindirilebilmesi için burada besinler ile karışır. Bu durum sonucunda safranın  kimyasal yapısındaki dengesizlikler sonucu safra taşları oluşabilir. Safra kesesinde taş oluşmasının arkasında birçok farklı sebep bulunuyor. Genel olarak; Safra yoğunluğunun artması,  bazı kan hastalıkları, bazı maddelerin kandaki oranının artması, safra yolu tıkanıklıkları taş oluşumuna yol açar.