Mahkemenin kabul ettiği iddianamede, Ergenekon'un, TUSHAD ve İlker Çınar aracılığıyla yürüttüğü saha çalışmaları sonucu cinayetleri hayata geçirdiği anlatılıyor. Basın-yayın yolu kullanılarak eylemler için ortam oluşturulduğu, 5 Şubat 2006'da Trabzon'da Rahip Santoro'nun, 19 Ocak 2007'de de Ermeni asıllı gazeteci Hrant Dink'in öldürüldüğünün anlaşıldığı belirtiliyor. Malatya 3. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından kabul edilen 761 sayfalık 19 sanıklı ek iddianamede, Zirve Yayınevi cinayeti, Rahip Santoro ve Dink suikastları arasındaki bağlantılara dikkat çekildi. İddianamede, Ergenekon terör örgütünün TUSHAD ve İlker Çınar aracılığıyla yürüttüğü saha çalışmaları sonucu azınlıklara yönelik gerçekleştirilmesi planlanan eylemlere zemin hazırlamak için basın-yayın yolunu kullandığı, akademisyenlere bilimsel nitelikli çalışmalar yaptırdığı belirtildi. Bu çalışmalar sonucu oluşturulan ortamdan faydalanılarak eylemlerin hayata geçirildiği anlatılan iddianamede, bu kapsamda 5 Şubat 2006'da Trabzon'da Rahip Santoro'nun, 19 Ocak 2007'de gazeteci Hrant Dink'in öldürüldüğünün anlaşıldığı ifade edildi. Zirve Yayınevi'nde öldürülen kişilerin ilk olarak 1 Ekim 2005'te bir sempozyumda zikredildiği anlatılan iddianamede, 2006 yılı Ocak ayında Albay Mehmet Ülger'in Malatya jandarma Komutanlığı görevine atandığı dile getirildi. Ülger'in şehre atandıktan sonra, daha önce hiç gündemde olmayan misyonerlik konusu İl Emniyet Komisyonu toplantılarına taşıdığı anlatıldı. Ocak 2007'de misyonerlik konusunda ilk çalıştayın gerçekleştirildiği aktarılan iddianamede, yayınevindeki kişiler tanıtılarak eylem planı kapsamında görev dağılımı yapıldığına değinildi. Eski papaz olan İlker Çınar'a provokasyon amaçlı raporlara katkı sunma, İnönü Üniversitesi'nde araştırma görevlisi olan Ruhi Abat'a akademik sonlandırma, İstihbarat Şube Müdürü Haydar Yeşil'e koordinasyon, astsubay Murat Göktürk'e ise istihbarat toplama, bağlantı kurma görevlerinin verildiği anlatıldı. Olayın azmettiricileri arasında olduğu iddia edilen Varol Bülent Aral'ın Emre Günaydın'ı eyleme ikna ve motive ettikten sonra, cinayetlerle bağlantısını gizlemek amacıyla Adıyaman'da Kalaşnikof tüfek yakalatarak cezaevine girdiği iddia edildi. Aral'ın görevi Zirve Yayınevi'ne haber elemanı olarak yerleştirilen diğer azmettirici Hüseyin Yelki'ye devrettiği iddia edildi. Yelki'nin Günaydın'ı ikna ve motive ettiği belirtildi. İddianamede, "Şüpheli Emre Günay-dın'ın 3 Ocak'tan olayın bir gün öncesi olan 17 Nisan'a kadar 29 kez Telekom bayilerinden arandığı, aramaların cinayet tarihine yakın dönemde sıklaştığı tespit edildi. Aramaları yapan kişinin, telefonu aynı saatlerde söz konusu bayi yanında sinyal veren Astsubay Murat Göktürk olduğu, Göktürk'ün görüşmeler sonrası Fırat mahallesinde bulunan eski Jandarma Alay binasına giderek Mehmet Ülger ve Haydar Yeşil'e bilgi verdiği anlaşılmıştır." ifadeleri kullanıldı. Olayın asli faili olan Emre Günaydın ve arkadaşlarının cinayet tarihinden 1 gün önce gerekli malzemeleri hazırladığı, araç kiraladıkları, yayınevi önünde keşif yaptıklarının telefon sinyalleriyle de doğrulandığı vurgulandı. Cinayet günü 10.30 sularında yayınevine gittikleri iddia edilen sanıklardan plan çerçevesinde ilk önce Emre Günaydın ile Abuzer Yıldırım'ın içeri girdiği, bir süre maktuller ile sohbet ettikleri dile getirildi. Bir süre sonra azmettirici olarak yargılanan Hüseyin Yelki ile görüştüğü, ardından lavaboya giden Emre Günaydın'ın aşağıda bekleyen arkadaşlarını 'Yukarısı müsait' mesajıyla çağırdığına yer verildi. Ardından Salih Gürler, Hamit Çeker ve Cuma Özdemir'in içeri alındığı, saat 12.00'da cinayetlerin işlenmeye başlandığı anlatıldı. 12.15 sularında tanıklar Gökhan ve eşi Özge Talas'ın kapıyı çaldıkları, açılmayınca yedek anahtarla açmaya çalıştıkları, kapının yine açılmaması üzerine polise ihbarda bulunulduğu ifade edildi. Polisin olay yerine gelmesiyle birlikte Abuzer Yıldırım'ın balkondan alt kattaki daireye atladığı, Emre Günaydın'ın ise aynı şekilde atlamaya çalışırken yere düşerek yaralandığı kaydedildi. Olay sonrası İnönü Üniversitesi Turgut Özal Tıp Merkezi'ne kaldırılan Emre Günaydın'ın Mehmet Ülger ve ekibi tarafından kontrol altında tutulduğu, hastane kamera kayıtlarını silindiğine yer verildi.