Fenerbahçe'nin 2003-04 ve 2004-05 sezonlarındaki şampiyonluklarında kilit rol oynadı. Ölümcül serbest vuruşların sahibi Van Hooijdonk 53 lig maçında 32 gol attı ve Sarı Kanaryalı taraftarlar ona "Aziz Pierre" lakabı taktı.