Mahkeme, “Arşivinizde Tahşiye grubuna ait bilgi belge var mı?” diye Milli İstihbarat Teşkilatı'na (MİT) sordu. Yazılı cevap gönderen MİT, Tahşiye grubunun takip edildiğini belirtti. MİT, davanın bir numaralı sanığı Mehmet Doğan'ın El-Kaide lideri Ladin ile bağlantısına dikkat çekti. Bu yazı kendilerine ‘kumpas kurulduğunu' iddia eden Doğan'ın da aralarında olduğu 40 sanığın yargılandığı Bakırköy 3. Ağır Ceza Mahkemesi'nde devam eden dava dosyasına ve mahkeme tutanaklarına girdi. Özgür basına operasyona gerekçe yapılan ‘Tahşiye grubuna kumpas kuruldu' yalanı çöktü.

Tahşiye grubuna ilişkin ilk duruşmaya Mehmet Doğan katılmadı. Mahkeme Başkanı Enes Sevgi, Emniyet Genel Müdürlüğü ve MİT'in aralarında olduğu kurumlara, arşivlerinde 2010'da operasyon yapılan Tahşiye grubuna ait bilgi olup olmadığı yönünde sordukları yazıya cevapların geldiğini açıkladı. Emniyet'in grubu ‘Molla Muhammetçiler ve Radikal Tahşiye Grubu' olarak adlandırıldıkları belirtildi.  

Mahkeme Başkanı, MİT'ten gelen yazıyı özetleyerek okudu. Yazı, aralarında Hidayet Karaca ve Ekrem Dumanlı'nın da bulunduğu gazeteciler ile emniyet mensuplarının, Fethullah Gülen Hocaefendi'nin 6 Nisan 2009 tarihli sohbetinden sonra Tahşiye grubuna kumpas kurduğu, böyle bir örgüt yokken haksız tutuklamalar yapıldığı tezlerini bitirdi. Bu yazıyla Tahşiye adının polis tarafından verilmediği, grubun polisten önce MİT'in takibinde olduğu kesinleşti. MİT'e ait “Çok gizli” ibareli yazıda örgütün lideri olduğu iddiasıyla yargılanan Doğan'ın El Kaide ile olan irtibatını gözler önüne serdi. Mahkeme Başkanı, MİT'in yazısını şöyle özetledi: “Başbakanlık Milli İstihbarat Teşkilatı Başkanlığı'na yazılan yazılara cevap var. Yazı ekinde bilgi notu olarak gizlilik kaydıyla yazı yazıldığı, genel olarak Mehmet Doğan hakkında bilgi verildiği ve 2 adet kitabı olduğu, İlmi Cihat ve Esername adlı kitaplar olduğu, Risale-i Nur adlı eserlerden alıntı yaptığı, Şuayip bin Salih olarak adlandırdığı Bin Ladin'i Mehdi Komutan şeklinde adlandırdığı bir yazı olduğu görüldü.”

Sanık avukatları, Tahşiye grubuna yönelik soruşturmayı yürüten polisler hakkında dava açıldığını hatırlatıp mahkemeden ilginç bir talepte bulundu. Polislerin 22 Aralık'ta yargılanmaya başlayacağı, kendi davalarının daha önce bitirilmesini istedi. Bu isteği kabul eden mahkemenin 15 Aralık'a gün vermesi dikkat çekti. Bu durum “Beraat etmek için bir yerlerden söz mü aldılar?” sorusunu gündeme getirdi. Daha önce Genelkurmay, MİT ve İstanbul Emniyeti'nin Tahşiye örgütüyle ilgili resmi yazı ve raporlarının olduğu ortaya çıkmış, ancak savcılık ve emniyet bunu dikkate almamış, son olarak ise iddianamede bu gerçekler gizlenmişti.