Kararda, Başbuğ’un hukuki durumuna ilişkin değerlendirmeler yapıldı. Sanıklar tarafından “Bir genelkurmay başkanından nasıl terörist olur” söylemleriyle bir algı oluşturulduğunu belirten mahkeme, “Öncelikle ifade etmek gerekir ki, ‘terörist’ kelimesi hukuki değil, basın yayın organlarının kullanmayı tercih ettiği siyasi bir kavramdır. Hukukta ise terör suçlusu kavramı tercih edilir. Terörle Mücadele Yasası kapsamında ‘terör örgütü’ olarak değerlendirilen suç örgütlerinin mensuplarının belirli eylemleri de terör suçu sayılmaktadır. Bu kapsamda yasa koyucu, devlet aleyhine işlenen TCK 309, 311, 312 gibi maddelerdeki suçları terör suçu olarak kabul etmektedir.” ifadelerini kullanıldı. 

Terör suçlarının siyasi içeriği de olan suçlar olduğunu ifade eden mahkeme, “Bu yüzden yukarıda da değinildiği üzere bu suçun failleri işledikleri eylemleri suç kapsamında kabul etmezler. Bu suçların hemen hemen tüm sanıklarının sahip olduğu ortak düşünce, işledikleri eylemlerin insanlık, vatan ve memleket için faydalı olduğu yönündedir. Bu yüzden bu suçların sanıkları kendilerini bir terör suçlusu saymazlar. Dosyamız özelinde ise, Genel Kurmay Başkanı’nın bir altı statüde bulunan Jandarma Genel Komutanı (E) Orgeneral Şener Eruygur, yine iki altı statüde bulunan Birinci Ordu Komutanı (E) Orgeneral Hurşit Tolon, Genelkurmay İkinci Başkanı Orgeneral Hasan Iğsız, generaller Nusret Taşdeler, Mehmet Eröz, Veli Küçük ve daha bazı alt rütbe mensubu komutanlar da sanık İlker Başbuğ ile aynı cezaya çarptırılmışlardır. Yukarıda belirtilen algı referans alınarak bir sonuç çıkarılması gerekirse, o zaman hiçbir üst düzey generalin veya diğer askeri kişilerin cezalandırılmaması gerekirdi.” değerlendirmesini yaptı. 

Yasalar önünde herkesin eşit olduğuna vurgu yapılan kararda, ‘Genelkurmay Başkanı’ndan terörist mi olurmuş’ söyleminin çelişki içerdiği ifade edildi. Mahkeme, “Çünkü bir mahkeme eğer böyle bir kişinin hiyerarşik olarak altındaki kişilere aynı eylem dolayısıyla ceza vermişse, yasalar önünde herkes eşittir ilkesi gereği bu kişilerin eylemlerinin ortağı olan komutana da ceza vermesi kaçınılmazdır.” dedi.