12 Eylül referandumu ile sivil savcılara askerî bölgelerde soruşturma yapabilme imkânı tanıyan düzenleme, bir dönemin karanlıkta kalmış olaylarıyla ilgili soruşturmalara kapı açtı.
Alınan bilgilere göre savcılar, 1990'lı yıllarda şüpheli şekilde hayatını kaybeden komutanların ölümlerinin arasında bağlantı olup olmadığını ortaya çıkarmak için harekete geçti. Albay Kazım Çillioğlu soruşturmasını yürüten Özel Yetkili Malatya Cumhuriyet Başsavcılığı, Tuğg. Bahtiyar Aydın ve Albay Rıdvan Özden'in ölümüne ilişkin Diyarbakır'da yürütülen soruşturma dosyalarını istedi. Cinayetler arasındaki irtibatı gösteren delillere ulaşıldığı öğrenildi.
1991-1995 arası, karanlık yıllar olarak tarihe geçti. Dönemin Jandarma Genel Komutanı Eşref Bitlis ve ekibinden birçok isim şüpheli şekilde hayatını kaybetti. Bitlis'in yanı sıra Diyarbakır Jandarma Bölge Komutanı Tuğg. Bahtiyar Aydın, Adana Jandarma Bölge Komutanı Tuğg. Temel Cingöz, Mardin Jandarma Alay Komutanı Rıdvan Özden, Tunceli Jandarma Alay Komutanı Albay Kazım Çillioğlu ve Korg. Hulusi Sayın gibi isimlerin ölümüne ilişkin iddialar gündemden düşmedi. Bunların, terörle mücadeledeki çabalarıyla öne çıkan komutanlar olması da dikkat çekti.
İntihar ettiği iddia edilen Albay Çillioğlu'nun önce darp edildiği ve ardından öldürüldüğü bilirkişi raporuyla geçtiğimiz günlerde belgelenmişti. Resmî kayıtlara göre terör örgütü PKK ile girilen çatışmada alnından vurularak şehit olan Albay Rıdvan Özden'in mezarı da geçtiğimiz aylarda Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı'nın talimatıyla İstanbul'da açılmıştı. Albay Özden'in askerî tutanakların aksine alnından değil kafasının üst kısmından vurulduğu Adli Tıp Kurumu tarafından tespit edilmişti.
Merhum Cumhurbaşkanı Turgut Özal, Kürt sorununu çözmek için 1990'lı yılların başında harekete geçti. Özal'ın, sorunun çözümü için sivil kanattan 5 Şubat 1993'te şaibeli bir trafik kazasında hayatını kaybeden Devlet Bakanı Adnan Kahveci'yi, askerî kanattan ise uçağının düşmesi sonucu şehit olan Orgeneral Eşref Bitlis'i görevlendirdiği biliniyor. Orgeneral Bitlis'in, arkadaşlarıyla birlikte bir rapor hazırlayıp Özal'a sunduğu ileri sürülüyor. Bu raporda bölgedeki şiddet eylemlerinden rant elde eden birtakım sivil ve askerî devlet görevlilerinin isimlerinin yer aldığı, bu kişilerin tasfiye edilmesinin tavsiye edildiği belirtiliyor. Söz konusu raporu hazırlayan kişilerin başta Eşref Bitlis olmak üzere devlet içinde yapılanmış olan bir örgüt tarafından çeşitli yöntemlerle öldürüldüğü iddia ediliyor.
Albay Kazım Çillioğlu: Tunceli Jandarma Alay Komutanı Albay Kazım Çillioğlu 3 Şubat 1994 tarihinde evinde ölü bulundu. Çillioğlu'nun beylik tabancası ile intihar ettiği kayıtlara düştü. Askerî savcılık tarafından yapılan soruşturma sonuçsuz kaldı. Çillioğlu ailesi sivil savcılığa başvurarak soruşturmanın yenilenmesini talep etti. Albay Çillioğlu'nun ölümüne ilişkin Malatya Özel Yetkili Cumhuriyet Başsavcılığı soruşturma başlattı. Kendi el yazısı ile bıraktığı iddia edilen intihar notunun altındaki imzanın yapılan inceleme sonunda Çillioğlu'na ait olmadığı ortaya çıktı. Savcılığın talebi üzerine sözde intihara ilişkin hazırlanan bilirkişi raporunda da Albay Çillioğlu'nun önce darbedildiği, sonra öldürüldüğü vurgulandı.
Albay Rıdvan Özden: Albay Rıdvan Özden, 14 Ağustos 1995 tarihinde Mardin'in Savur ilçesi Ormancık köyü kırsal kesiminde teröristler tarafından açılan ateş sonucu iki korumasıyla birlikte şehit oldu. Özden'in alnından aldığı tek kurşunla hayatını kaybettiği yönünde tutanak tutuldu. Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı'nca yürütülen faili meçhul cinayetler soruşturması kapsamında geçtiğimiz ay Özden'in İstanbul Edirnekapı mezarlığında bulunan mezarı açıldı. Otopsi için Adli Tıp Kurumu'na sevk edilen Albay Özden'in kafatası ve kemikleri üzerinde yapılan incelemeye göre Albay Özden'in ölümüne neden olan kurşunun resmî kayıtların aksine alnından değil kafasının üst kısmından girdiği ve arka tarafından çıktığı tespit edildi. Özden'in alnında kurşun deliği tespit edilemedi.
Kürt politikasını eleştiren Jandarma Korgeneral Hulusi Sayın, 30 Ocak 1991'de Ankara'da taranarak şehit edildi. Cinayeti Dev-Sol üstlense de suikastı devlet içindeki derin yapıların gerçekleştirdiği hep konuşuldu. Jandarma Korgeneral İsmail Selen, PKK ile mücadele konusunda dönemin yöneticileriyle ters düştü. Görevinden alınmak istendi. Emekli olduktan sonra 23 Mayıs 1991'de taranarak şehit edildi. Aynı gün Adana Jandarma Bölge Komutanı Temel Cingöz de suikasta uğradı.
Hüseyin Oğuz: Aydın'ı PKK itirafçısı öldürdü
Tuğgeneral Bahtiyar Aydın: Orgeneral Eşref Bitlis Paşa'nın emrinde çalışan Diyarbakır Jandarma Bölge Komutanı Bahtiyar Aydın, 22 Ekim 1993 tarihinde Diyarbakır Lice'de tek kurşunla hayatını kaybetti. Cinayette kullanılan Kanas marka silah ortadan kayboldu. Bahtiyar Aydın'ın şüpheli ölümüne ilişkin soruşturma zamanaşımına kısa bir süre kala açıldı. Yüksekova Çetesi'ni ortaya çıkaran Astsubay Hüseyin Oğuz'un, Susurluk Komisyonu'na verdiği ifadede "Aydın'ı bir PKK itirafçısı öldürdü. Aydın, terörle mücadelede şiddete karşı olduğu için öldürüldü" diye konuştu.