"Ergenekon" davasının ilk duruşması, Silivri Ceza İnfaz Kurumları Yerleşkesi'nde oluşturulan duruşma salonunda 20 Ekim 2008 tarihinde yapıldı. İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi heyeti, yaklaşık 8 ayda yapılan 103 duruşmada, iddianamedeki sıralamaya göre, önce tutuklu sanıkların savunmalarını aldı. Yargılama sürecinde en uzun savunmayı 12 duruşma boyunca yaklaşık 60 saatte sanık avukat Kemal Kerinçsiz yaptı. Tutuklu sanıklarla birlikte ifadeleri alınan Ali Yiğit ve Semih Tufan Gülaltay dışındaki tutuksuz sanıklardan, aralarında Sedat Peker ve Prof. Dr. Kemal Alemdaroğlu'nun da bulunduğu 33'ünün savunması ise davanın 94. duruşmasında tamamlandı. Mahkeme heyeti, birinci "Ergenekon" davasında ilk tahliye kararını, 15. celsenin yapıldığı 18 Kasım 2008 tarihinde verdi. Mahkeme heyeti, bu tarihte Mahmut Öztürk'ün serbest bırakılmasını kararlaştırdı. Tutuklu sanıklardan Gazi Güder 25. celsede, Muammer Karabulut, Vedat Yenerer ve Orhan Tunç 41. celsede, Sami Hoştan, Serhan Bolluk ve Abdulmuttalip Tonçer 53. celsede, Vatan Bölükbaşoğlu ve Hüseyin Gazi Oğuz 65. celsede, Bekir Öztürk, Abdullah Arapoğulları, Rasim Görüm, Oğuz Alparslan Abdülkadir ve Halil Behiç Gürcihan ise 83. celsede tahliye edildi. Mahkeme heyeti, 101. duruşmada da Mete Yalazangil, Mehmet Adnan Akfırat, Ali Kutlu ve Murat Çağlar'ın tahliyelerini kararlaştırarak, tutuklu 46 sanıktan 19'unu serbest bırakmış oldu. 102. duruşma Mahkeme heyeti, 3 Ağustos'ta yapılan 102. duruşmada, Danıştay üyeleri ve Cumhuriyet gazetesine yönelik saldırıya ilişkin 8 sanıklı dava dosyasının bu davayla birleştirilmesini kararlaştırdı. Bu karar üzerine Doğu Perinçek'in de aralarında bulunduğu İP'li sanıklar duruşma salonunu terk etti. Köksal Şengün başkanlığındaki mahkeme heyeti, aynı duruşmada davaların birleştirilmesi kararına yapılan itirazları da reddetti. İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi, ertesi gün yapılan 103. duruşmada da Danıştay üyelerine ve Cumhuriyet gazetesine yapılan saldırılara ilişkin davanın sanıklarından İsmail Sağır'ın "Emniyet muhbiri olarak kullanılıp kullanılmadığı"nın Edirne, İstanbul ve Ankara emniyet müdürlüklerinden sorulmasını kararlaştırdı. Mahkeme heyeti, "Duruşma salonunun fiziki şartları ile ilgili yapılan yazışmalar, birleşen dosyadaki sanıkların savunmalarının tespiti ve birleştirme talebiyle mahkemeye gönderilen iddianamelerin kapsamları ve yapılacak usulü işlemleri de dikkate alarak" duruşmayı 24 Ağustos Pazartesi günü saat 09.30'a bıraktı.