Zaman gazetesi yazarları ve yöneticilerinin yargılandığı davada Ali Bulaç hakkında “Anayasayı ihlâl” ve “örgüt üyeliği” suçlamalarıyla ağırlaştırılmış müebbet ve 15 yıla kadar hapis cezası talep edilmişti. Dava sonucunda İstanbul 13'üncü Ağır Ceza Mahkemesi, Bulaç'ı 8 yıl 9 ay hapis cezasına çarptırdı. 

Bulaç'ın Anayasa Mahkemesi'ne yaptığı bireysel başvuruyu 3 Mayıs 2019 tarihinde karara bağlayan AYM Genel Kurulu, Bulaç'ın tutuklanmasının, kişi özgürlüğü ve güvenliği hakkı ile ifade özgürlüğü haklarını ihlâl ettiğine karar verdi.

Diğer yandan istinafın onayladığı mahkeme kararı Yargıtay'dan geri döndü. Yargıtay Cumhuriyet Başsavcılığı, 23 Aralık 2019 tarihinde Yargıtay 16. Ceza Dairesi’ne sunduğu tebliğnamesinde, Ali Bulaç ve Şahin Alpay hakkında “terör örgütü üyeliği” suçlamasıyla verilen hükmün bozulmasını talep etti. Başsavcılık, Bulaç ve Alpay'ın yapıya dahil olmamakla birlikte bilerek ve isteyerek yardım etmek suçundan yargılanmaları gerektiğini belirtti.

24 Eylül 2020 tarihinde Yargıtay 16. Ceza Dairesi, Bulaç'a "örgüt üyeliği" suçlamasıyla verilen cezayı bozdu. Bulaç'ın yeniden yargılandığı dava 13 Nisan 2021 günü İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesinde başladı.