Çünkü, İstanbul 10. Ağır Ceza Mahkemesi Başkanı Zafer Başkurt, Balyoz davası sürecine hiç dahil olmadı. Temmuz 2010'da iddianame mahkemeye gönderildiğinde Başkurt izinliydi. Diğer üç üye hakim Davut Bedir, Ali Efendi Peksak ve Murat Üründü 102 sanık hakkında 'yakalama' kararı çıkardı. HSYK, 5 Kasım 2010'daki kararnamesinde Zafer Başkurt'un özel yetkisini kaldırdı. Başkurt'un ismi Ergenekon kapsamında eski Adalet Bakanı Seyfi Oktay'ın şüpheli olduğu 'yargıyı etkileme' soruşturmasında takibe takılmasıyla gündeme gelmişti. Ayrıca hakkındaki rüşvet iddialarına ilişkin HSYK'nın önünde soruşturma dosyaları mevcut. Başkurt'un başka bir yere atanmasında da bu iddialar etkili oldu. Başkurt'un zaten tayin için HSYK'dan talepte bulunduğu ifade ediliyor.